Kódování je funkce, kterou se do řídící jednotky vkládá 5 místní kód vyjadřující konfiguraci řídící jednotky. Například u motorových řídících jednotek se tak rozlišuje zda bude jednotka použita ve voze s automatickou nebo manuální převodovkou, zda bude montováno ABS, klimatizace apod. Kód lze sestavit podle příručky pro daný systém nebo podle příručky VIS. Od verze 409 má již VCDS také bublinovou nápovědu, což znamená, že při otevření okna s danou funkcí vyskočí bublina s popisem a nápovědou.
